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洪荒时期，黄帝、炎帝、蚩尤三大部落争取天下。炎帝部落老首领之子炽不满父亲将首领之位传于身世不明的炎而发动叛乱。炎帝平息了叛乱后，炽下落不明。不久，炎帝被黄帝打败隐姓埋名远走他乡。多年后炎帝化名为神农，尝百草救世人，炽化名为瘟神，处处与神农作对，更制造出瘟疫，祸害世人，令神农苦苦无法破解。
炎帝部落的衰落使得争取天下的大战将在黄帝和蚩尤间展开。一次，双方交战正酣，突闻各自部下来报：自己部落中发生大规模瘟疫。黄帝和蚩尤立刻收兵，赶回各自部落查看救援。
黄帝发现自己的很多子民在这场大瘟疫中患病、丧生，忧心忡忡。人群中，黄帝发现了帮助救治病人的神农。两个老对手再次相逢。黄帝对神农既充满怨恨又十分敬重。尽管神农用尽了方法，也只能暂时控制瘟疫的蔓延，并不能够彻底的消除瘟疫。神农感怀世人疾苦，独自祈求上天，以期求得清除瘟疫之法。
天宫中，玉帝的妹妹花神生性豁达善良，眼中没有尊卑长幼之分。玉帝的七个女儿七位仙女更被花神认做是知心的好姐妹。七位仙女虽然经常被花神的一些古怪想法和言行折腾得不知所以，苦不堪言，但是从心底尊敬和喜欢这位平易近人、性格爽直的长辈。花神带领七位仙女种植盘古大神死前留下的种子，实验无数次均遭失败，终于在一次偶然的机会下获得成功。在玉帝的建议下，众人把这种从未见过的东西以花神的名字命名为花。
黄帝二十五子，得姓者十四人。黄帝逝世后葬于桥山。其孙高阳立，即颛顼帝。颛顼死后，黄帝曾孙高辛立，即帝喾。喾死，子放勋立，即尧。尧死，舜立，舜是颛顼的六世孙。黄帝，颛顼，喾，尧，舜即是五帝。所以说黄帝是五帝之首。
灵云大陆划野分疆，八家为一井，三井为一邻，三邻为一朋，三朋为一里，五里为一邑，十邑为都，十都为一师，十师为州，大陆共分九州；设官司职，置左右大监，监于万国，设三公、三少、四辅、四史、六相、九德（官名）共一百二十个官位管理国家。对各级官员提出六禁重，重是过分的意思，即声禁重、色禁重、衣禁重、香禁重、味禁重、室禁重，要求官员节简朴素，反对奢靡。提出以德治国，修德振兵，以德施天下，一道修德，惟仁是行，修德立义，尤其是设立九德之臣，教养百姓九行，即担任法官、后土担任狱官，对犯罪重者判处流失，罪大罪极者判处斩首等。
轩辕乃修德振兵，治五气，艺五种，抚万民，度四方，教熊罴貔貅虎，以与炎帝战于阪泉之野。三战然后得其志。蚩尤作乱，不用帝命。是黄帝乃征师诸侯，与蚩尤战于涿鹿之野，遂依附杀蚩尤。太史公言黄帝名轩辕，国号有熊轩辕本意为车，应是指发明制作车的技术而得名的氏族及其首领的名称，如发明制作农耕工具技术称神农氏，发明制作捕捞工具技术而称伏羲氏，发明钻燧取火技术称燧人氏然。有熊国号。当时的国，实为部落。熊、罴、貔、貅、貙、虎为六种兽名，应是有熊部落中六个氏族的名称，或谓图腾。
据传他出生几十天就会说话，少年时思维敏捷，青年时敦厚能干，成年后聪明坚毅。时蚩尤暴虐无道，兼并诸侯，当时的天下共主发明农耕和医药的炎帝已经衰落，酋长们互相攻击，战乱不已，生灵涂炭，炎帝无可奈何，求助于黄帝。黄帝毅然肩负起安定天下的责任，黄帝与蚩尤战于涿鹿，双方的战士斗英勇无畏，战斗十分激烈。黄帝在大将风后、力牧的辅佐之下，终擒蚩尤而诛之，诸侯尊为天子，以取代炎帝，成为天下的共主。因有土德之瑞，故称为黄帝。
不久，天下又出现骚乱。黄帝知道蚩尤的声威还在，于是画了蚩尤的相到处悬挂。天下的人都以为蚩尤未死，只是被黄帝降服，更多的部落都来归附。后来，蚩尤被尊为战神。
炎帝虽然被蚩尤打败，实力尚存。他不满黄帝成为天下共主，企图夺回失去的地位，终于起兵反抗。炎、黄二帝发生火并，决战在阪泉之野进行。经过三场恶战，黄帝得胜。从此，黄帝天下共主的地位最终确立，号令天下，凡是不顺从的部落，都以天子的身份去加以讨伐。
黄帝在位时间很久，国势强盛，政治安定，文化进步，有许多发明和制作，如文字、音乐、历数、宫室、舟车、衣裳和指南车等。相传尧、舜、禹、汤等均是他的后裔！
相传轩辕黄帝的母亲叫附宝。传说有一天晚上，附宝见一道电光环绕着北斗枢星。随即，那颗枢星就掉落了下来，附宝由此感应而孕。怀胎二十四个月后，生下一个小儿，这小儿就是后来的黄帝。黄帝一生下来，就显得异常的神灵。生下没多久，便能说话。到了十五岁，已经无所不通了。后来他继承了有熊国君的王位。因他发明了轩冕，故称之为轩辕。又因他以土德称王，土色为黄，故称作黄帝。
相传黄帝即位的时候，有蚩尤兄弟八十一人，号称是神带的后裔。这八十一人全都是兽身人面，铜头铁额，不含五谷，只吃河石。他们不服从黄帝的命令，残害黎庶，诛杀无辜。又制造兵杖刀载大弩，与黄帝为敌。黄帝遂顺民意，征召各路诸侯兵马讨伐蚩尤。历经十五旬后，也未能打败蚩尤，只好退兵。
为此，黄帝忧心仲仲，日夜盼望能有贤哲辅佐他，以灭蚩尤。有一天晚上，他梦见大风吹走了天下的尘垢。接着又梦见一个人手执千钧之弩驱羊数万群。醒来后，心觉奇怪暗想，风，号令而为主；垢，是土解化清，天下难道有姓风名后的人吗？
千钧之弩，是希望为能致远，驱羊数万群，是牧人为善，难道有姓力名牧的人不成？于是便派部下在天下到处访寻这两个人。结果在海隅找到了风后，在泽边找到了力牧。黄帝以风后为相，力牧为将，开始大举进攻蚩尤。
在涿鹿郊野，两军摆开阵势大战。蚩尤布下百里大雾，三日三夜不散，至使兵士辨不清方向。黄帝便令风后造指南车。与此同时，西王母也派玄女前来，教他三宫秘略五音权谋之本。风后据之又演化出遁甲之法。
夕口此，在冀州又重新开战。蚩尤率领魑魅魍魍，请风伯，雨师纵风下雨，命应龙蓄水以攻黄帝。黄帝请来天下女魃于东荒止雨，而北隅诸山黎士羌兵驱应龙至南极。最后，杀死了蚩尤，但蚩尤有不死之身，所以分尸葬于四处，使之不得完尸。
后来，又有神农之后榆冈与黄帝争天下。黄帝用周鸟鹗、鹰颤为旗帜，以熊黑虎豹为前驱，与榆冈战于版泉之野。历经三战，打败了榆冈。后来，又亲率兵马征伐各方不肯巨服的诸侯。前后共经五十二战，天下始归一统。
于是黄帝划分州野，制礼兴乐，教化百姓。同时还发明各种器具用物，方便日用。其中，大臣曹胡发明了上衣，伯余造了下衣，於则做了鞋子。百姓们从此不再穿兽皮树皮。黄帝还依浮叶飘于水上的道理作了舟船，共鼓又配上舟揖行于水上。又根据转蓬的道理发明了车辅，便利了交通。黄雍父发明了春，黄帝接着又令人制作了釜甑，使得百姓可以蒸饭烹粥。以后又造屋室，筑城邑，使百姓不再巢居穴处。黄帝又与歧伯作内外经，使百姓疾患得以治愈。他还确定了天下万物的名称，划分星度为二十八宿。以甲乙十天干纪日，以子丑十二辰来纪月，而六旬为一甲子。如此又有时空观念。史称当时的百姓甘其食，美其服，乐其俗，安其居一派太平景象。
有一天，黄帝正在洛水上，与大臣们观赏风景;忽然见到一只大鸟衔着卞图，放到他面前，黄帝连忙拜受下来。再看那鸟，形状似鹤，鸡头，燕嘴，龟颈，龙形，骈翼，鱼尾，五色俱备。图中之字是慎德、仁义、仁智六个字。
黄帝从来不曾见过这鸟，便去问天老。天老告诉他说，这种鸟雄的叫凤，雌的叫凰。早晨叫是登晨，白天叫是上祥，傍晚鸣叫是归昌，夜里鸣叫是保长。凤凰一出，表明天下安宁。是大祥的征兆。后来，黄帝又梦见有两条龙持一幅白图从黄河中出来，献给他。黄帝不解，又来询问天老。天老回答说，这是河图洛书要出的前兆。
于是黄帝便与天老等游于河洛之间，沉璧于河中，杀三牲斋戒。最初是一连三日大雾。之后，又是七日七夜大雨。接着就有黄龙捧图自河而出，黄帝跪接过来。只见图上五色毕具，白图蓝叶朱文，正是河图洛书。于是黄帝开始巡游天下，封禅泰山。他听说有个叫广成子的仙人在崆峒山，就前去向他请教。广成子说：“自你治理天下后，云气不聚而雨，草木不枯则凋。日月光辉，越发的缺荒了。而佞人之心得以成道，你哪里值得我和你谈论至道呢？”黄帝回来后，就不再理问政事。自建了一个小屋，里边置上一张席子，一个人在那里反省了三个月。
而后又到广成子那里去问道，当时广成子头朝南躺着，黄帝跪着膝行到他跟前，问他如何才得长生。广成子蹶然而起说：“此问甚好！”接着就告诉他至道之精要“至道之精，窃窃冥冥，至道之极，昏昏默默。无视无听，抱神以静。形将自正，必静必清，无劳妆形，无摇妆精，方可长生。目无所见，耳无所闻，心无所知，如此，神形合一，方可长生。”说完，广成子给了他一卷《自然经》
黄帝向广成子问道后，又登过王屋山，得取丹经。并向玄女、素女询问修道养生之法。而后，回到缙云堂修炼，他采来首山铜，在荆山下铸九鼎，鼎刚刚铸成，就有一条龙，长须飘垂来迎黄帝进入仙境。黄帝当即骑上龙身，飞升而去。有几个小臣，也想随他升仙，便匆忙间抓住了龙须。结果龙须断了，这些小臣又坠落到地上，相传灵云大陆最神秘的灵药龙须草便是那些龙须变的。