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屡遭挫折，又受了鲁王兵势燃福建的启发，郑成功终于意识到了旗帜的重要性，改奉永历年号为正朔，永历帝册封其为“延平王”，亦有人称之为“郑延平”。
从此，他的军队规模迅速扩大，但领土太少，筹集粮饷困难的问题也随之而来，没办法，郑成功只得挥兵南下。
其时的闽南，局面极度混乱，明、清的官军你争我夺，以死相搏，土豪、山贼也乘势拥据城寨，相互争并，而且就近向百姓课收钱粮。
郑成功率部打击闽南的清军，也沿路收服各地的城寨以为粮源，先后攻取了清军占据的漳浦、云霄等地，平定了达濠、霞美等寨，再攻诏安不克，转入粤东，经分水关至潮州一带征讨不合作的零星势力，又第次收服了潮阳以及周边许多山寨，抵达潮州。
潮州守将郝尚久，虽已随李成栋反清，但曾袭击过施琅、郑鸿逵等部，也曾拒绝过郑成功“联军”的要求，在郑军攻打新墟寨时还曾派兵与之为难，郑成功以其立场“不清不明”为由，出兵击之。
郝部不敌，退守府城，揭阳、普宁、惠来等县尽被郑成功所部占领。适逢清军再次进攻广东，郝尚久背腹受敌，负气降清，引清军对抗郑军。郑军围城三月不克、士气低落，粮饷接济又困难，不得不解围退回闽南。
无疑地，通过这次出征，郑成功认识到，一支军队，除了旗帜，还必须要有自己的根据地，这才打定了收取厦门的主意。
计取厦门不久，郑成功即接到了永历帝令其南下勤王的急檄，命叔父郑芝莞留守厦门，唯恐有失，又让居于广东揭阳的郑鸿逵移师往厦门协防，自己则亲自率兵南下。
既已奉永历年号为正朔，郑成功便一心要护得永历帝安全，也不顾天气，一路上只管率舰队前行，抵南澳稍作补充后，即又出发。
至盐州港附近，风暴骤起，亏得主副中军船的两位驾驶，郑成功的主船才没有解体、翻覆，但是，几乎所有船上器具，包括鼎灶都一并丢失，郑成功连饿两餐，直到隔天下午风雨渐歇，主副座船才得以回到岸边跟舰队会合。
郑成功并没有因此而动摇勤王的决心，不过停顿了两天，继续前进，终按预定计划抵达广东大星所。
郑成功长舒了一口气，却不怠慢，上岸后，立即召集诸将商讨进兵之策。
郑成功率兵南下勤王不久，清福建巡抚张学圣即得到了消息，冲向命马得功、王邦俊等道：“郑成功的主力赶往广东，厦门的防务必定松散，我等正好乘虚攻取厦门。”
诸将纷纷附和道：“所言甚是，别处都在建功，我等也不该袖手旁观，免得落在了别人的后面。”
镇江总兵马得功却突然道：“理儿倒是这么个理儿，而且厦门乃郑成功新建的巢穴，其子其妻均居于此，珠宝财物指定少不了，但是，要取厦门须得横跨大海，我们的船舰不足，又该如何是好？”
经了他这一提醒，诸将以为然，一齐看着张学圣。
张学圣笑了笑，故作高深地道：“这个无妨，郑成功之叔郑芝豹现在南安，我已命人挟持了他，命其交出船舰渡载我军前往厦门，这个郑芝豹可不同于郑成功，一心要跟其兄郑芝龙归降，没费多大劲儿，他就同意了。
现在的问题是，居于广东揭阳的郑鸿逵正往厦门赶，我等务须尽快击溃负责厦门防务的郑芝莞，而后迅速地接受厦门的防务，以防备郑鸿逵。
郑鸿逵虽不比郑芝豹，却最看重亲情，迫不得已，以其母、其兄的性命相威胁，应该也能奏效。”
诸将闻言，尽皆大喜，马得功却又沉思着道：“厦门既是郑成功新建的老巢，若知厦门有失，必誓死相争，我等未必就能守得住厦门，与其跟他死拼，倒不如咱们先抄了他的后路，他必元气大伤，我等慢慢再消灭之，或许能更有利。”
诸将自然也不想死战，不由又转头去看张学圣。
张学圣懂得诸将的心思，更知道马得功的盘算，心中不愿，却碍于他乃此次作战的主力，不好直接反驳他，又不想把这责任揽到自己头上，暗自叹了口气道：“战场形势千变万化，视情而定吧。”
马得功明白他在推脱责任，但心中主意既定，领了命只管按自己的主意行动，日后果被逮捕治罪，且不去说。
单说郑芝莞，见清军来袭，未战先怯，只顾着将财物搬运至私人船上逃亡，让清军轻松地就破了厦门。
事出突然，董夫人和郑成功长子郑经只来得及携带祖宗牌位避于海上逃过一劫。
马得功率部把郑家的积蓄、装备掠夺一空，装船回返，恰跟赶赴厦门协防的郑鸿逵及其所部遭遇，郑鸿逵竟果如张学圣所料放过了他们。
因为形势变化得太快，永历帝又不停地在逃亡，再三反复，郑成功的进军方案才总算定了下来。
未及松口气，厦门遭袭的消息就传了过来，全军思归，哭声遍闻，原要继续南下勤王的郑成功不得不班师回厦门。
回到厦门，郑成功斩杀了怯战逃跑的叔父郑芝莞，放走马得功的郑鸿逵深为愧疚，主动交出兵权，自请退隐东石镇白沙，不再过问政事。
这些事刚了，施琅因叛变事泄杀害了郑成功的部将曾德逃跑，郑成功大怒，处死了施琅的父亲、胞弟，犹在愤愤不平，闻知郑成功班师方才护着董夫人返回的郑经进来道：“鲁王来了。”
郑成功一愣道：“他来干嘛？”
郑经道：“舟山丢了，怕是来借住的。”
郑成功道：“若不是他中间横插一杠子，隆武朝哪能这么快就完了，这就是个罪人，告诉他，我郑成功的庙太小，容不下他这尊大佛。”
郑经迟疑了一下，还是道：“据说他已经上表朝廷，放弃监国名义，皇上为了维护在东南地区的影响，让他仍保留监国的名义。”
郑成功“哦”了一声，道：“即便如此，咱也不能承认他的政权，要想借住，就让他以明藩王的身份去金门，保证他的生活。”
郑经点了点头，转身往外走，郑成功又道：“要命人严密监视，对他的部下将领要尽力予以分化收编。”
鲁王原就心灰意冷，因此，索性做起了寄人篱下的“寓公”。
公元1661年，永历帝及太子被清军吴三桂部俘获，明统告绝。以张煌言为首的忠于明室的文官武将又重新酝酿拥戴朱以海出面组织朝廷，因为掌握实权的郑成功父子不支持，只能作罢。
不久，郑成功在台湾病逝，郑经执政后鲁王的境遇更为恶化，甚至到了“宗禄”被停发，连日常生活都不能保证的地步。
朱以海虽正值中年，但一直患有哮喘病，又长期漂泊于海上，再加上十几年屡遭挫折，翼收亡羊补牢之效以弥前愆而不可得，终于1663年十一月十三日以“中痰”去世，享年四十五岁。
施琅逃脱后，跟郑成功从此结下大仇，归降大清，终有一日，带清兵灭了郑氏。