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面对险恶的形势，杨增新集中全力先攘外而后治内，这一点深得我的赞同，也让我对这个云南人刮目相看。首先倾竭省库经费，出兵支援与科布多相毗连的阿尔泰，沙俄见势叫嚷要出兵干涉，杨不畏威胁，遣军驻防托察汗通古。沙俄讹诈不成，又出兵伊犁、阿尔泰，逼杨撤军，杨巍然不动年10月，沙俄驻阿尔泰领事擅自现定新疆军队驻地不准前进；11月，袁世凯同沙俄驻华使馆签订中俄声明文件和中俄声明另件，将科布多割让“独立”的外蒙古；12月，帕勒塔与沙俄非法签订中蒙军队停战协定，要新疆军队从察汗通古撤回元湖，对此杨断然拒绝，坚守疆土。杨的硬汉行为颇有苏武遗风，也保卫了原属外蒙的阿尔泰地区在中国手中，到1919年，国民军骑兵部队大规模的进入外蒙平定叛乱，第1蒙古骑兵旅甚至一直推进到了额尔齐斯河边，杨并没有为国民军进入阿尔泰设置任何障碍，在获悉中央政府已经同意把包括阿尔泰在内的整个科不多地区划入新设立的科不多特别区时，他就通电表示赞同，并将住阿尔泰的新疆军队撤回新疆。
对内，杨则采取以柔克刚，各个击败。他一面进行收抚，一面又重兵镇压。他指派都司张廷彩招抚农民起义首领铁木耳，铁受抚率精兵130人赴迪化，杨封以定边马队第三营营长。后杨见铁已归顺，遂将铁绞死，其精兵也一同被处死。杨对革命党人先安置各道、县监视使用，后逐一免职，革命党人领袖喀什提督贺家栋，时任省民政司司长，杨用重金将他礼送出境。后革命党人群龙无首，杨遂命亲信进行杀害。不到两年，杨遂将革命党人和农民起义镇压下去。
新疆局势基本稳定后，杨集中精力消除部下异己隐患，羁摩限制各王公贵族势力，发展生产，休养生息，得到社会各界拥戴。他对各族民众实行羁縻与牵制政策，先分而治之，后统而治之。他常说：对部下应“趋之以事而观其行，临之以利而察其廉。”他对社会和经济进行了一系列改革，为扭转财政出超劣势，先行严惩贪污，修明政治。他认为政者只有律己正身，才能使下属知法律严明。杨素守清廉，律己正身，事必躬亲，节简淡泊，不讲官场排场，痛恨行贿受贿。为了扭转财政，从1919年开始杨增新开始裁军，一方面固然是为了节省军费开支，但是另一方面也源于他对军队的固有的不信任感，到今年5月份，新疆军队只剩下了两个旅约10000人。杨的裁军得到了我的支持，在我出兵漠北之后，杨每逢大事必向我汇报，并数次暗示问我是否会染指新疆，我向他保证尊重他的督军地位，愿与他共保西北边疆，经过协调，杨对向驻科不多国民军提供后勤补给勤勤恳恳，从不懈怠，也没出过一次差错，因此，他与第一军军长吴俊升关系十分要好。
但是新疆暂时的稳定是以外部力量无暇顾及为条件的，1919年高尔察克在西伯利亚不断战败，苏俄红军追击白军进入中亚，在红军的压力下白军残部3万余人不断进入新疆，加上随之而来的哈萨克难民，总人数超过25万。苏俄七河省红军总参议兼外交代表拉兹多布列耶夫照会新疆当局想进入新疆追剿，杨增新也不想一下子接受这么多的难民，但如此大事，他不可能不向我及同盟请示。我此时正没有进入新疆的合适借口，又不好公然违反诺言，巴不得新疆多事呢，于是在我的旨意下，新疆撤除了对难民的进入设置的障碍，对于放下武器的白俄军人视作难民，不同意红军进入中国领土，拒绝缴械的白军由新疆负责剿灭，国民军新疆方面提供一切援助。于是从四月份开始，第1蒙古骑兵旅就开始汇合新疆军队剿灭白军，白军缺乏统一指挥，又没有补给，到5月份就很快失败，除少量被击毙外，大部都决定放下武器，这当中少不了已经进入东北三省的哥萨克现身说教的功劳。
在欧洲大战之前，俄国在新疆拥有广泛的通商权利，但是惨烈的战争和更加血腥的内战是俄国经济一落千丈，与新疆贸易也因而中断。随着内战的基本结束，为改善其经济困境，主动向新疆当局提出建立商务关系，杨增新认为此举对增加新疆对外贸易大有裨益，我也不好反对，于是杨增新指派熟谙法政专门知识的樊耀南与苏俄政府委派的土耳其斯坦边区政府特权交涉员阿作尔宁进行谈判。双方经多轮谈判，于6月13日签订了伊犁临时通商协定。该协定的主要内容包括：中国新疆伊犁官府与俄国土耳其斯坦政府之委员，为两国边界人民之利益及联络双方感情起见，拟互设商务及交涉机关，以资接洽；中国得设商务兼交涉机关于俄国七河省阿拉木图城；俄国得设商务兼交涉机关于中国新疆之伊宁城，以为利益之交换；俄国商务交涉机关或普通俄民由俄运货来伊或由伊运货回俄，均须依新疆统税章程向中国税关纳税；以鄂尔果斯卡为两国通商出入必经之道，如有绕道出境者，即以偷税违法论；两国人民间因贸易发生争执时及所有民刑各事，均以住在国法律裁判执行之；两国人民因事过界来往，需持有双方发给之护照，始准入境；俄代表宣言塔什干政府颁布之免罪书，系尊重人道为神圣不可侵犯之定案，经此番之解释，该败兵逃民回俄，自无危险。中国政府必极力劝其回国，俾得各安生业；伊犁官员允准俄国派委员一员、随员二三人来伊，会同交涉局，办理逃民败兵回俄事件，一俟办理就绪，即行解散回国；俄代表申明此项问题非其职权份内之事，便关于此类事项塔什干政府已设有调查赔补会，将来应由中国商务兼交涉委员赴俄直接交涉，较为有效，然俄代表允认将伊犁官府之要求转达塔什干政府，以个人名义力予维持；以上各条，经双方委员同意，特以中俄文字立案，各书写二份，双方签字互换收存，以昭信守。
这个协定对中国来说绝对可以是一个巨大的胜利，因为中国方面首次获得了鸦片战争以后失去的关税自主权和领事裁判权，但就协定而言我是绝对没有意见的，因此当新疆方面的请示上来后，我很快就答应了。但是这个协定也给我进入新疆提供了机会，在获得了漠北的两个省份之后，我就开始为进入新疆做准备，到现在为止，蒙古、可不多两省的国民警卫队独立第5、6蒙古骑兵团已经基本完成了组建完成，可以担任这两省的警卫任务，因此三万人的骑兵部队就完全可以做野战用途。当苏俄代表和新疆代表在做那些难民的工作希望他们返回俄国时，我也派出了cia的间谍人员到那些难民中，特别是那些哥萨克中间，向他们许诺如果同盟进入新疆将会给他们土地和牧场，这些间谍还向蒙古、锡伯、哈萨克牧民故意宣扬同盟中牧民的财产、自由富足的生活，他们还联络了草原上和绿洲中贫民反抗队伍，向他们许诺，如果同盟进入新疆，他们将会获得同盟农牧民一样的待遇，将会拥有自己的牧场和田园。
当然只有这些是不够的，我必须同时作军事上的准备月31日，重庆的张景惠接到我的撤军命令，我命令他解散联军，全军全部撤回关外月1日，张景惠发表通电，电文上说联军已经完成和平使命，因此已经没有必要存在，他以总司令的身份发布最后一道命令，全军撤回原有防地。西南各省立即通电表示欢迎，各界也纷纷表示欢迎，此次西南战争，前后死伤达到了7万余人，战况可以说是空前惨烈，但是西南各界也看到了各方军阀停止战争的局面，这是他们说梦寐以求的，而事实上，现在西南军阀都虚弱不堪，他们在一阵血拼之后，都没有精神再次发动战争了。