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灵瞳电影一开局，就是摄像机模拟一个人的双瞳去看周围的世界，见到同事被同事糗，见到老板被老板训，这种手法大胆地被导演运用了近十分钟，观众也基本上知道了男主角阿菜的社会地位：一个可怜的打工仔。
阿菜打小在一对夫妻开的店里面帮工。夫妻俩做生意发了财，小伙子也从一个普通店伙计升到了夫妻俩的专人司机。
这对夫妇中女主人精明能干，江山几乎全是她一个人打下来的，而男主人却为人猥琐，天天骗老婆的钱，再出去吃喝嫖赌。
女主人的妹妹阿兰从乡下来投靠发了财的姐姐，这妹妹长得十分漂亮，而且说话不多，十分文静，有气质。第一天来，就把阿菜和男主人的眼睛给看直了。惹得姐姐十分不高兴，就把她当普通伙计使唤，让她天天当会计算账，将一堆做不完的事交给她，让她没空去勾引自己的男人。
可自己的男人却不争气，有一天小姨子洗澡，他竟跑去偷窥。被老婆发现，老婆对他大打出手，脸上被抓得没有一块好皮。
电影情节很快交待到这里，又是运用男主角的双瞳去看待整件事情：女主人在做生意，接到老公的电话，电话里说话的语气语调典型在撒谎，女主人越想越不放心，过来大声嚷嚷，拉着自己开车回家。
接着就听到楼上传来夫妻俩的打闹声和小姨子的哭泣声，男主角赶紧跑上去，只见场景一片混乱，彪悍的女主人正把男主人打翻在地，骑在他身上用长长的指甲在他脸上乱抓乱挠。而小姨子则披着浴巾缩在一边吓得直哭。
女主人连打带骂，不光打自己的丈夫，还骂自己的妹妹大白天洗什么澡，摆明了是在勾引自己的丈夫。弄得可怜的妹妹痛哭不止，却无法申辩。
男主人被女主人推倒，男主角想去扶一下，差点被女主人拉着一道打；女主人一拳打空后自己摔倒，男主角想去扶一下，又差点被自己跳起来的女主人推倒；最后只剩下男主角自己最想扶的女主人妹妹阿兰，却发现她没有穿衣服，自己不敢“下手”
阿菜的无奈和自卑不用导演多说，光是从主角的双眼视角中就可以表露无遗。
过了几天，男主角陪女主人出外谈生意，突然车子失控与一辆大卡车相撞，女主人被当场撞死，而阿菜也重伤送去了医院。
从医院出来，男主角去给女主人上坟，接着又去看女主人的妹妹，想向她道歉。可到了主人家，里面又传来男主人得意的淫笑声，男主角冲上去，只见男主人正光着身子要扒小姨子的衣服。平时胆小的阿菜不知哪来的勇气，一拳将男主人打翻在地。
男主人气得翻身拿了一把椅子要砸他，身材矮小的男主角知道自己不是他的对手，情急之下拿起一物来挡，男主人一见，竟吓得屁滚尿流，丢下椅子大叫一声连滚带爬地逃离了小楼：男主角手上拿的，是自己老婆的遗照。
阿菜将阿兰扶起，阿兰竟半裸着趴在他身上痛哭不止，一哭就是一夜。阿菜也跟着一夜没睡，心中百感交集，暗自当着女主人的灵位发誓：一定要好好照顾阿兰。
第二天，阿菜到处去找工作，可处处碰壁，只好跑到出租车公司跟人拼车开，想到昨天自己的宏伟誓言及今天口袋的几枚泰铢，阿菜郁闷异常，开车都有点心不在焉。
突然一条人影从公路桥人行道上一跃而下，向自己的车底钻去，阿菜吓得急踩刹车，魂飞魄散地下车查看：可公路上竟干干净净，别说尸体，连滴血都没有！
阿菜惊魂未定，想找旁边的人问问，可路过的司机纷纷对这个在大马路胡乱停车的阿菜伸出了中指，只有一个胖胖的怪人身着白衣，眼神怪怪地看着阿菜，阿菜咳嗽了一声：“请问你刚才看到一个人跳到－－－”
怪人竟高兴得跳了起来，把自己身子侧了过来：“你是问我吗？”－－－只见怪人并不是身胖，而是被压扁了！他就是刚才从马路上一跃而下的人！
阿菜吓得跳上汽车，从观后镜一看，怪人竟缠上了他，双脚离地向他飘了过来。阿菜大叫一声，一路狂奔，等逃回出租车公司，才发现自己双腿都软了。
打卡结算的地方在公司十四楼，阿菜好不容易挪到了电梯旁，电梯却正好关上了门，口中连呼倒霉。这时电梯门又开了，里面有一位好心小姐帮他在里面按了开门键，并招呼他上来。
阿菜说了声谢谢，可又十分为难。小姐奇怪道：“你怎么不上来啊？”阿菜指着小姐身边：“人满了，我上不了。”小姐看着这个奇怪的人笑了：“什么满了，这个电梯只有我一个人啊？！”
阿菜这才看清周遭，双目欲裂：电梯里其他人均是双脚离地，不是头上扁了一块就是瘸了一条腿、歪了一只胳膊。这些“人”看阿菜竟能看见他们，均是欣喜异常，竟个个从电梯里冲了出来要找阿菜。
可怜的阿菜只好咬着牙从一楼上到了十四楼去打好卡。这时才发现自己一天都没有上厕所，膀胱都快涨破，找了个卫生间冲了进去，正在尿尿，突然发现一片血迹流到了自己脚上，打开厕所单元小门，只见一个女孩呆坐在男厕所马桶上，下身大量流血－－－竟是在厕所分娩！
好心的阿菜急忙把大厦管理员找来，大厦管理员来一看，把阿菜骂了个狗血淋头，说：这儿那有什么分娩的女孩？胡扯。
可在阿菜的眼中：那个分娩的女孩明明还在，而且将自己生下来没有断脐的小孩血淋淋地伸到了他面前！
晚上，身心疲惫的阿菜用仅有的钱买了一些吃的带给阿兰，却发现男主人又在家里，阿菜冲过去用瘦弱的身体挡在阿兰前面，男主人冷冷地笑了笑：“我不是为阿兰来的，我是为你来的。你身体好了，从明天开始重新回来上班。”说完就走了。
这个消息对身无分文的阿菜来说不知道是好是坏：自己打心眼里不想跟这个色狼后面工作，但自己又需要钱来照顾阿兰。阿兰安慰他：帮自己姐夫开车就可以随时掌握他的形踪，也好保护到自己。
阿菜一想的确不错，第二天又回到男主人的公司上班。男主人交给他的任务是送一个老头去飞机场。
去飞机场的路又要路过那个公路桥，阿菜有些心中发慌：果然，那个穿白衣服的胖子又在故意跳到车底下挨轧，其它司机看不见也就算了，依旧一飙而过。可阿菜就不行了，明知他是个鬼，可他跳过来的一刹那，阿菜还是本能地减了速。
本来坐在车后一声不吭的老者突然开口了：“你能看见他？”
阿菜惊魂未定：“他？－－－－－哪个他？”愣了半天才反应过来，喜道：“你也能看见他？”
老者轻笑了一声：“把车倒回去吧！”
阿菜说话声音都有几分发抖：“开回去？你－－－－”老者叹了口气：“相见也是缘法，就算我不去渡他，我也要渡你。”
老者缓缓走到胖子身边，跟他说了几句话，阿菜只敢远远地望着。只见胖子听了几句后忽地跪了下来，抱着老者的脚，行五体投地大礼，这时老者用手向天空一招，一道七彩灵虹射在胖子身上，胖子离地而起，一边磕头向天边飘去。
车子继续向飞机场开去，阿菜终于鼓起勇气问道：“你、你、你是大师？”老者笑了笑：“你全身黑气罩身，最近是不是遇到了太多这种东西？”阿菜如蒙冤受屈的犯人突然遇到了青天大老爷，如倒豆子一般将自己车祸重伤后看见的种种灵异事件一一道出。
老者不但没有说阿菜这是倒霉，反而说这是他上辈子修善积德修来的慧根。说常人想看到这些肉眼凡胎外的景象还要靠缘法苦苦修炼七七四十九天才能行。临别时在飞机场，老者跟他说：“无论是降妖、除魔、伏鬼还是想要征服人心，天下只有两个办法可行：一个是施恩，一个施威。只有恩威并施才是天道。”
说完，老者送给他一块玉牌：“有了这块玉牌，万鬼而近。用它施恩还是施威，全在你一念之间。刚才那个因车祸而死的白衣鬼，就是想用再次撞车的感觉想找到撞他的元凶。我开导了他一番，他才肯放下陈年旧怨，投胎做人。一念天堂，一念地狱，记住，超渡人有时也是超渡自己。”